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除了核事故之外，乏燃料的处理问题也是阻碍核电发展的重要因素。
乏燃料是核反应堆经过辐射照射、使用过的核燃料，其铀含量低，已无法继续维持核反应。乏燃料仍然含有大量可利用物质，经过后续回收处理，最终转变为不再需要并具有放射性的核废料。
核废料拥有极强的放射性，且其半衰期长达数千年、数万年甚至几十万年之久。在几十万年后，这些核废料还能伤害人类和环境，因而如何安全、永久地处理核废料是科学家们一个重大的课题。
从核电商用到现在，全球已经积攒的大量乏燃料和核废料，这些物质的处理问题迫在眉睫。目前，世界上大多数乏燃料处理并没有采取有效的措施，而是处于暂存状态。
深地质处理是世界公认最安全的方法
经过多年的试验与研究，目前世界上公认的最安全可行的核废料处理方法就是深地质处置，即将高放废料保存在地下深处的特殊仓库中永久保存。但到现在为止，还没有一个国家能够找到安全、永久处理高放射性核废料的办法。
大的有核国家，比如美国、俄罗斯都在他们本国找到了暂时存储核废料的地点。2010年美国国会通过，决定在美国西部内华达州沙漠地区存放美国核废料。俄罗斯决定在西伯利亚无人区建立核废料存放地，并欢迎其他国家付费存放。部分人口密集的有核国家很难找到合适的核废料存储地，而德国宣布不再新建核电站也与此原因有关。
我国不会放弃核电
弃核、核安全以及乏燃料的处理，共同制约着我国核电的发展。但作为能源消耗大国，我国不可能放弃核电。
福岛核事故之后，国家能源局原局长张国宝表示，作为一个人口众多、能源问题十分突出的大国，中国不可能放弃核电。
“十三五”规划中指出，日本福岛核事故影响了世界核电发展进程，但在确保安全的前提下，主要核电大国和一些新兴国家仍将核电作为低碳能源发展的方向。
我国从未发生过2级以上核事件
核电是我国的发展清洁能源的必然选择，但几次核事故带来的教训不可忽视，也让我国在核电站设计、选址、审核方面变得更加严格。
事故发生之后，中国核电之父、中国科学院院士、核反应堆与核电工程专家欧阳予曾表示，福岛核电站属于第二代核电站，在安全设计上存在不足。为了提高核电的安全性和经济性，我国把重点放在建设第三代核电机组上。
两会上，贺禹介绍，我国在运、在建核电站均采用了更加成熟和更先进的核电技术，固有安全性更高。且在我国核电站的设计中，已经考虑了当地历史上曾经出现的最严重的地震、海啸、热带风暴、洪水等自然灾害的因素，能够自动或者手动安全停堆，拥有足够安全性。他提到，我国核电站从未发生过国际核事件分级表2级及以上运行事件，安全状况良好。
技术进步提高核电安全性
事实上，核电发展到现在，已经有了非常高的安全保障。核泄漏发生的可能性，也微乎其微。
资料显示，在目前核电站多重安全屏障的保护下，发生严重事故的几率极低，从概率上来讲，一个反应堆大约运行10万年才有可能存在一次，而目前新建的第三代机组发生事故的频率更低。
比较三次核事故：美国三哩岛核电站使用的是压水堆，因为安全壳的缘故并没有造成人员损失和环境污染；切尔诺贝利核电站使用的是石墨堆，且没有安全壳保护；福岛核电站使用的是沸水堆。而现在的压水堆核电厂反应堆中，有很完善的措施来保证放射性物质不会外泄。我国在运的核电站，使用的均是压水堆。
此外，核电站的安全性能也随着技术的进步而提高。经过第一代试验性的“原型堆”，目前在运的核电站大部分属于第二代商业堆。历经几次核事故的教训，第三代核电站技术被提出并完成了全部工程论证、试验工作和初步设计，它将成为下一代核电站的主力堆型，我国“华龙一号”就属于第三代核电站技术。
因而，核电站有着极高的安全性，大众无需如此排斥。内陆核电站争议大
我国无法放弃核电，同时希望由核电大国转变为核电强国。既然如此，作为一个土地面积辽阔又资源消耗巨大的国家，只建设沿海核电站必然无法供给足够多的能源，对内陆核电站建设的需求也愈来愈大。但到目前为止，国内没有任何一个内陆核电站建设完成，这又是什么原因呢？
由于核电站的运行需要大量冷却水，因而内陆核电站的建设需选择水资源丰富的地方。如第一批获得国家发改委“路条”的湖南益阳桃花江核电站、湖北咸宁大畈核电站、和江西九江彭泽核电站，均选址于长江支流或水库附近。如此一来，这些核电站一旦发生泄露事故，会污染整个下游，造成极其严重的损失。
福岛事故后，我国内陆核电站陷入停滞状态。前期准备中的湖北咸宁、湖南桃花江、江西彭泽三座内陆核电站或停工、或迁址。之后，关于内陆核电站是否应当重启，引发了极大的争议。
国务院发展研究中心研究员王奕楠认为，内陆核电不适合我国国情，同时在内陆建设核电站，必须“万无一失”、“绝对可靠”地保证源源不断的冷却水供应（为火力发电站的数倍）。2014年，他在《我为什么不赞成重启内陆核电》一文中表示，内陆核电站因为缺少冷却水而运行困难、前景黯淡。
中科院院士何祚庥在2012年指出，必须立即停止在中国内陆地区建造任何核电站。他认为，万一出现核事故，海边的核电站还可能将放射性废水向大海排放，而一旦内陆核电站出现核泄漏，污染了地区水源和地下水，将是影响人类生存发展的大问题。
内陆核电重启之声加大
有反对声，就必然存在支持声。虽然福岛核事故之后，我国官方明确表示“十二五”不安排内陆核电项目，但随着我国能源、治霾压力与环保需求的加大，以清洁取胜的核电项目重启之声也愈来愈大。
自内陆核电站延缓建设以来，地方呼吁重启内陆核电的声音从未停止。一位核电行业专家透露，“现在，湖北、湖南、江西都强烈要求建设内陆核电站，这些省份不产煤，电力供应很紧张。”
湖南省桃花江核电站从2006年开始启动，截至2013年底，项目签约金额近160亿元，累计完成固定资产投资46.3亿元。从2013年开始到2016年，湖南代表团连续四年两会提议重启桃花江核电站。2014年，湖南代表团以全团名义提议尽早启动内陆核电项目建设。2016年，湖南决定成立桃花江核电站建设项目协调小组，并以全国政协委员、湖南省政协主席陈求发为第一提案人，呼吁尽早启动湖南桃花江核电站建设。
“十三五”期间不会开工内陆核电站
但内陆核电站何时能重新启动，依旧没有明确的政策指导。
2017年两会期间，国家能源局局长努尔 白克力表示，“要确保国家的能源安全和结构调整，发展核电肯定是一个必然的选择。但是在‘十三五’期间，对内陆核电，没有明确时间表。‘十三五’规划纲要和能源‘十三五’规划中，对内陆核电的表述就是两个方面，一是继续做好核电项目的前期论证，二是做好厂址保护工作。我可以负责任的讲，‘十三五’期间，没有内陆核电要开工的任何决策层面的意见。”
我国乏燃料处理举步维艰
除了内陆核电站重启问题，我国对乏燃料的处理也停滞不前。
乏燃料后处理工作受质疑
今年两会上，王寿君表示，“乏燃料后处理厂就跟一般的化工厂一样，核辐射是零泄露。”
但这并不意味着后处理不存在危险。1957年前苏联Kyshtym军用后处理厂的一次高放射性废料储存罐爆炸事件。法国在1986年发生过一次小事故，导致5名工人入院治疗。而美国军用后处理厂在1944年到1971年间持续泄露出大量放射性。英国后处理厂也曾发生过比较严重的泄露事故。
正是因为技术难度大，存在安全隐患，大众对于乏燃料后处理工作存在质疑，我国乏燃料后处理工程举步维艰。去年，中法合作计划建设的“核循环”项目前期选址工作，在连云港(8.72 +9.96%,买入)居民的抗议声中被暂停。
核废料处置库未建成
尽管乏燃料后续处理能够有效利用资源，但由于后处理花费大且麻烦，世界上很多国家依然将乏燃料直接作为核废料处理。目前，我国已经建设有两座中低放射核废料处置库，分别位于甘肃玉门和广东大亚湾附近的北龙，并准备再建两座，但还没有一座高放射处置库。
我国原计划在2030年-2040年建成高放射性核废料处置库，然而到目前为止，选址工作依旧没有完成。在核废料库建成之前，所有的高放射性核废料只能暂时贮存在核电站的硼水池内。从中国第一座核电站秦山核电站1994年投入商业运行，到现在为止，各核电站的硼水池已经积攒了大量核废料，它们急需处理。
中国工程院院士周永茂在提到核废料的处理问题时表示，“在核废料、乏燃料的处理上，到目前为止，我国还没有一个很好的长远计划。”
即便如此，我国也在积极推进放射性废物治理。3月23日，国务院批复的《核安全与放射性污染防治“十三五”规划及2025年远景目标》中，安排了核设施退役及放射性废物治理重点工程，要求推进核设施退役及放射性污染治理，开展放射性废物处理设施和放射性废物处置场建设。
