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具体而言，环境保护税所要解决的并不是调节末端生产者与消费者的污染排放，而是从源头来根治污染围城的成因，那就是通过矫正扭曲来理顺上述几大经济关系。
就地区间经济关系而言，根据环境保护税法的规定，在不低于国家统一税率的基础上，各地可以决定本地区的环境保护税率，从目前的情况看，出于环境治理的需要，在经济结构偏重(污染强度较高)的地区，环境保护税的税率将会制定地相对较高。其结果是，在这些地区，环境保护税的税基和税额都会相对较高，这对于平衡地区间经济关系，促使产业进行梯度转移，以及优化污染密集型产业的空间分布而言都将发挥积极的作用。
就央地间经济关系而言，通过费改税，将环境保护的收费法定化，并明确为中央税，由中央政府出面征收，这显然有助于消除之前央地在污染费征收上出现地方政府“逐底竞争”(Race to the Bottom)，而中央政府的环保转移支付又不堪重负的弊病。同时，根据环境保护税法，中央政府征收的环境保护税将全部返还地方政府，有助于厘清央地之间的环保投入情况，使之透明化。在此基础上，中央政府可进一步明确央地各自环保事权，统筹各种环保支出。此外，环境保护税属于国税的规定，在长期有助于发挥其“双重红利”功效，平衡财政支出。在未来，如能进一步理顺环境保护类税负结构，归拢环境保护类税负，提高环境税税率，将有利于改善和调整央地经济关系，为有效的环境治理奠定基础。
就产业间经济关系而言，其核心在于，环境保护税将有助于平衡产业间的失衡发展关系，解决出于各种经济和非经济的因素，资本资金竞相投入过剩产能产业，造成产业结构总体过重的现象。环境保护税将加大污染密集型产业的成本，推动其节能减排，对过剩产能和产业的资金资本形成反向激励。
最后，就政府与市场的经济关系而言，如前所言，在环境保护过程中，仍有重计划(政府)而轻市场(企业)的倾向，环境保护税属于基于市场的环境规制手段，它与排污权交易构成两大市场激励型的环境经济规制手段，有助于理顺政府与市场的经济关系，让市场进一步发挥其改善资源配置效率的作用，压缩和改变政府干预方式，尊重市场和政府职能各自的边界和规律，最大程度上克服环境治理中的无效因素。
三、环境保护税中的几个争议问题
在环境保护税的实施中，仍存在几个问题，值得讨论。
其一，税率偏低问题;
既然环境保护税是一种矫正税，理论上，应该在税率上体现环境保护的社会成本，根据之前笔者的分析文章，当前的税率是从原先污染费费率水平平移而成，显然远远低于当前国民经济在环境保护上所支付的成本水平。对此，本文认为，当前将要实施的环境保护税率是狭义上的一种庇古税，将对诸多经济关系形成直接的矫正作用，而实际上，如果将资源税以及针对污染排放的各种经济金融法律成本都纳入进来的话，形成广义上的环境保护税，那么，这个税率水平将会逼近全社会环境保护的影子成本。也就是说，某种程度上，环境保护税之外的税种挤占了环境保护税的税率空间，从而压低了初期的税率水平。有理由相信，随着税负结构和关系的理顺，未来环境保护税税率水平仍有较大的上升空间，逐步还原出真实的社会成本。
其二，税负征收和使用问题;
在一般的理解中，环境保护税应该由地方政府征收，并用于环保事业，在环境保护税法中，规定由国家财税部门征收，但所有税收都返还给地方政府。在此必须理解的是，环境保护税是一种矫正税，对于资源配置和市场机制都有着非常重要的优化作用，是具有跨地区和跨市场意义的税种，必须由中央政府征收。
同时，环境保护税的征收目标是为了实现减排，并不是为了环境治理，这一点尤为重要，实现减排功能所征收的税收理应进入国库成为国家财力，由中央政府进行统筹分配和利用，而环境治理则是一种事权，这一事权在央地之间的归属取决于其事权性质，属于跨地区和市场的环境治理自然属于中央政府，反之，属于地区和市场内的环境治理则是地方事权，央地之间各自守土有责。这一事权应与其他事权归拢在一起，最终确定所需财政开支，然后再确定这些开支的来源。当然，目前规定所有环境保护税负都返回给地方政府，其实是一种权宜之计，其目的在于确保环境保护税制改革的顺利推进，但从长期来看，将环境保护税与环境治理事权脱钩应是必然的一个发展趋势。
