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在陈吉宁的同事眼中，“敢于挑战、敢于担当、敢于创新”，是他获得尊敬的原因之一。
陈吉宁敢于担当的一面，在归国伊始就有所显露。1998年回国后，陈先是成为副教授，一年后，旋即被任命为清华大学环境科学与工程系主任。
“他担任系主任，当时颇有争议。”清华大学环境学院教授王占生回忆，大家都觉得陈吉宁太年轻了，但很快，陈吉宁就以自己的行动给出了答案。
这个有着十年海外经历的“海归”主任，一系列措施引起了环境系内外师生的瞩目。“他引进了很多以前不敢想的人，吸引人才的手段也比较有魄力，把清华环境系带上了一个新台阶。”王占生说。
或许正因此，2002年至2009年期间的清华大学原书记、现任中组部常务副部长陈希，当年一直对陈吉宁赞赏有加，多次称赞陈吉宁是个有能力的年轻人。
2006年，42岁的陈吉宁就被提拔为清华大学副校长。6年后，他成为清华大学的第18任校长。
有全局观、交流能力强，人缘好，同时还有很强的业务能力和新观点——这也同样是中国工程院院士、清华大学学术委员会主任钱易对陈吉宁的看法。
更难得的是，钱易此前曾向媒体回忆，作为不是院士的校长，当年清华大学曾有一些老师找到钱易，希望作为同一领域的工程院院士钱易能推荐陈吉宁申报院士。钱易为此跟陈吉宁交流了意见，当时陈吉宁和她说了一句话：“我既然选择了这条路（做校长），就不能再多考虑其他。”
2016年6月20日，世界顶尖权威期刊《自然》评选出了10位“中国科学之星”，并配以肖像插画和介绍：顶级环保官员解决空气污染问题，污染斗士--陈吉宁。
