加强重点流域污染综合防治。科学核定水环境承载力。优化取水口和排污口布局，推进沿江场镇生活污染和畜禽养殖污染治理，加大主要支流和沿江工业园区综合整治力度，加强严重污染水体河湖水库调度管理，保障下游河流生态用水需求，强化水上交通、船舶港口污染防治。加强长江、金沙江、嘉陵江流域开发的生态环境保护，注重出川断面水质维护，确保“一江清水永续”。优化岷江、沱江流域产业布局，着力改变重化产业和重污染企业过度集聚的格局，实施节水减污和工程治污并重，系统推进全流域污染防治，加强总磷超标控制单元治理。到2020年，岷江、沱江、嘉陵江干流及其一级支流基本消除劣Ⅴ类水体。强化饮用水水源保护。统筹城乡集中供水，建设一批优质水源地，取缔一批劣质水源地，整治一批未达标水源地，实施李家岩水库、向家坝灌区、观音岩水库等重要水源保护工程。2017年底前完成城乡所有集中式饮用水水源保护区划定，农村分散式饮用水水源保护范围划分取得有效进展。开展饮用水水源规范化建设，依法清理饮用水水源保护区内违法建筑和排污口，强化有毒有害物质管控。未稳定达标饮用水水源制定实施专项整治方案，完善后续水厂深度处理，确保供水安全。以消灭劣Ⅴ类水源地为重点，实施农村集中式饮用水水源地达标建设和农村饮水安全巩固提升工程。提升饮用水水源地水质监测和预警能力，定期开展集中式饮用水源监测和环境状况调查评估。地方各级人民政府及供水单位应定期监测、检测和评估本行政区域内饮用水水源、供水厂出水和用户水龙头水质等饮水安全状况。地级及以上城市每季度向社会公开饮水安全状况信息，县级及以上城市自2018年起每季度向社会公开。以“千吨万人”村镇集中式饮用水水源为重点，逐步推进农村集中式饮用水水源信息公开。到2020年，全省城乡集中式饮用水源地达标率不低于90%，城镇饮用水水源规范化建设比例达到60%。
加强良好水体保护。在雅砻江、青衣江、大渡河、岷江等重要江河的源头开展生态环境安全评估试点。以邛海、黑龙滩水库、二滩水库、瀑布沟水库、三岔湖、紫坪铺水库等为重点，制定实施生态环境保护方案，加强整体保护、系统修复、综合治理，全面清理和整治污染源，强化水生态保护。完善全流域统筹保护机制，推进泸沽湖、白龙湖、观音岩水库、大洪湖水库等跨界湖库生态环境保护。大力推进川西北生态经济区、攀西经济区和雅安市、广元市等建制镇和居民聚居点环境基础设施建设，严格限制水污染物排放量大和环境风险突出的产业布局，全面清理江河源头区、水资源涵养区、水环境敏感区的排污工矿企业。
强化城市黑臭水体整治。全面排查城市建成区水环境状况，建立地级及以上城市建成区黑臭水体等严重污染水体清单，制定整治方案，细化分阶段目标和任务安排，向社会公布年度治理进展和水质改善情况。各城市在当地主流媒体公布黑臭水体清单、整治达标期限、责任人、整治进展及效果，接受公众评议。建立长效机制，开展水体日常维护与监管工作。成都市于2017年底前基本消除建成区黑臭水体，到2020年，市(州)政府所在地城市建成区全部消除黑臭水体。
