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水坝，实施过程拦截，降低水产养殖污染物含量。
(4)加强船舶港口水污染控制
进一步完善港口船舶含油污水、压载水、洗舱水和船舶垃圾接收处理设施。港口、码头、装卸站以及从事船舶修造的单位应当配备与其装卸货物种类和吞吐能力或者修造船舶能力相适应的污染监视设施和污染物接收设施，并使其处于良好状态。在大中型渔船上推行配置“两桶”(废油回收桶和生活垃圾收集桶)，实行渔船废油和生活垃圾回收制度。
加强海上船舶管理，杜绝污染物直接入海。船舶污水、含油废水应实现岸上统一接收，100%集中处理后达标排放。完善港口污水公用污染治理设施，推进港区生活污水全部纳入市政管网。
2.切实保障水资源供给安全
开展集中式饮用水水源保护规范化建设，及时拆除饮用水水源保护区内违法建筑、排污口，严禁生态破坏开发活动，对一级保护区内的居民实施搬迁。2018年底前，饮用水水源地汇水区范围内的居民生活污水和垃圾实现全收集、全处理。
加快莲花水库工程扫尾和长泰枋洋水利枢纽工程建设，力争早日蓄水，发挥工程效益。推进引调水及水源连通工程建设,推进九龙江北溪雨洪利用工程前期工作，争取早日动工建设,实施汀溪水库群至翔安输水工程、莲花水库至西山水厂段、莲花泵站至四林泵站段、石兜水库至西山水厂段、汀溪水库至竹坝水库段等水源连通工程。加快再生水利用、海水淡化工程及配套工程建设，增强水资源调配能力，保障水资源需求。
加快推进九龙江流域监控管理和环境综合治理，加强跨域的联合巡查、联合监测、联合治理专项行动。建立九龙江流域跨界污染防治协调处理机制和区域性污染应急处理机制，切实保障九龙江流域饮用水源水质安全。
3.全面实施流域污染综合整治
实施重点水域和流域污染治理与生态修复工程，全面改善地表水环境质量。加强流域入河排污口的整治与规范化管理，采取截污导流、河道整治、生态清淤、生态修复等措施，减少污染物进入水体。划定流域生态保护边界，使生态保育、溪流整治与建设发展空间相衔接。实施《厦门市溪流养护实施办法》，加强溪流河道清淤疏浚、保洁，建立健全溪流保洁工作制度。
推进落实小流域统筹发展规划，总结推广小流域治理试点经验，全面开展岛外过芸溪、瑶山溪、深青溪、后溪、官浔溪、埭头溪、东西溪、龙东溪和九溪等九条溪流的污染综合整治。
专栏5：“十三五”地表水环境质量改善重点工程
长泰枋洋水利枢纽工程环境污染综合整治：包括畜禽养殖业污染，建设污水和生活垃圾集中处理设施，开展生态保护和水土保持工作等。
莲花水库水源地环境保护及枢纽工程：莲花水库汇水区实施环境综合整治，主要包括污染防治、生态修复与建设、生态产业建设、管理建设及技术支持;枢纽工程主要包括拦河坝、泄洪建筑物、取水建筑物等建设。
石兜水库扩蓄增容及水源地保护工程：清淤、扩容、截污、生态修复、生态补偿;改造水库水坝、溢洪道，新建引水隧道，输水管工程及兑山水源泵站扩建及配套工程。
汀溪水库群综合整治及水源地生态保护：开展汀溪水库饮用水源保护区及区内行政村环境综合治理和生态补偿工作。
流域污染治理截污纳管项目：东西溪、官浔溪等9大流域截污纳管建设。
城镇污水再生利用工程：开展城市污水处理厂中水回用利用及配套管网工程建设;开展马銮再生水厂工程;软件园、灌口、前埔、洪塘、西柯、莲花、凤南、西炉、莲河、大嶝、内厝等污水再生处理站及配套管网设施建设。
全市污水处理厂提标改造：开展污水处理厂出水水质提标改造可行性研究，制定中水回用鼓励政策。实施筼筜、前埔、海沧、杏林、集美、同安、翔安、澳头等污水处理厂提标改造工程，将尾水水质提标至一级A达标排放。
污水处理厂氮、磷污染物减排节能关键技术与工程示范：新建城市污水处理设施，采用具有较高脱氮、脱磷能力的工艺，减少污水处理厂的氮磷等污染物的排放。
污水处理厂及配套管网建设：包括前埔、翔安、杏林、集美、同安、澳头污水处理厂扩建工程;海沧污水处理厂改造工程;航空港物流园区污水处理站工程;科技创新园污水源示范工程等。加快城镇污水管网和泵站建设，扩大城镇污水管网的覆盖面积，开展主要排污口污水截流工程建设，提高城市污水处理率。
